در اصل داستان این انیمیشن را می توان به عبارتی توصیف نسخه Batman Gotham City را در فضایی قدیمی تر و در دوران نینجا ها و در راستای آن نیز دشمنان مخالف خود هم نیز در همین فضا مشخض نمود و سازگار نشان داد.دشمن همان دشمن معروف و همیشگی جوکر است. که دنیای سامورایی وار ژاپنی تعمیم یافته و دشمنان هم به همین سبک و در همین فضا طراحی شده اند.حضور تمامی کارکتر های سری فیلم های بتمن در این انیمیشن مشهود است و همه ی آن ها در دسته ی شر و خیر مبارزه میکنند. Batman Ninja سعی در متوقف کردن اعمال خراب کارانه و شیطانی Joker دارد اما اینبار Joker قدرتی فراتر از Batman Ninja دارد و Batman Ninja مجبور با استفاده تمام آنچه در اختیار دارد او را از پا در آورد.میزان تخلیه تزریق شده در ۲۰۱۸ Batman Ninja بسیار زیاد است و این تخیل در داستان علاوه بر اینکه جذابیت انیمشن نکاسته،بلکه بسیار انیمیشن را جذاب تر و خاص تر نموده.